Justin Benoit fit ses études médicales à Montpellier, devint interne des hôpitaux, puis agrégé dans la section de chirurgie, le 27 juillet 1844 ; conservateur des collections en 1850.
A la mort de Dubrueil, en 1852, quand la chaire d’Anatomie fut déclarée vacante, (le concours venait d’être supprimé) quatorze candidats s’inscrivirent pour cette chaire, parmi lesquels : Batigne, Benoît, Bourdel, Chrestien, Courty, Lacauchie, Quissac et le professeur Rigaud (de Strasbourg). Benoît fut proposé en première ligne professeur d’anatomie le 15 juin 1853, Lacauchie en deuxième.
Il se produisit un fait singulier. La présentation de Benoît venait à peine d’être faite par la Faculté que la chaire de Pathologie interne devint vacante ; Benoît fut encore candidat avec la plupart de ceux qu’il avait eus pour concurrents à la chaire d’Anatomie, et, de nouveau, il fut présenté en première ligne, Anglada en seconde ligne. Le gouvernement nomma Benoit professeur d’anatomie. Anglada professeur de pathologie interne.
On s’explique aisément cette inscription de quatorze candidats pour la chaire d’Anatomie. A cette époque, quand on était entré dans la voie des concours, on se présentait à toutes les chaires vacantes.
Comment, dés lors, s’étonner en voyant quatorze candidats inscrits pour la chaire d’Anatomie ? Un anatomiste pur n’aurait eu aucune chance de succès ; on l’aurait accueilli avec méfiance et presque comme un danger : quel respect aurait-il eu pour le principe vital, dont Benoit parle avec une foi si ardente, » ce principe indéterminé, qui met en jeu les rouages organiques, donne l’impulsion à la matière, qui, en un mot, nous fait vivre ? » Benoit le savait fort bien, et en 1852, quand il fut chargé du cours d’anatomie en attendant la vacance de la chaire, il consacra sa première leçon à exposer » les principes qui doivent diriger dans l’étude et l’enseignement de l’anatomie humaine « . C’était un vrai programme de candidat. A la lumière de quelques passages : » L’anatomie humaine peut aujourd’hui être considérée comme constituée. Elle a sans doute des progrès à accomplir, car c’est une loi à laquelle aucune science ne peut se soustraire ; mais il nous est permis de dire, dans une enceinte médicale, qu’il faut plutôt rechercher maintenant le moyen de profiter de ses acquisitions que courir après de nouvelles découvertes. » Et plus loin » à cette manière d’envisager la science que je suis chargé de vous enseigner je vous offre pour garantie la concordance de nos doctrines avec celles des maîtres exemples de prévention qui ont observé l’homme sous toutes ses faces, et n’ont donné une prépondérance exclusive à aucune des études particulières dont il peut être l’objet. »
C’était un chirurgien distingué que les circonstances avaient conduit dans la chaire d’Anatomie, sans le transformer pour cela en anatomiste. Il aurait certainement fait très bonne figure à la clinique chirurgicale, qu’il avait disputée à Alquié en 1850, dans un brillant concours, qu’il essaya encore d’obtenir par permutation, en 1865, quand Courty passa de la médecine opératoire à la clinique chirurgicale. Il exposa toujours l’anatomie en chirurgien. Il excellait à mettre en vive lumière un point particulièrement utile au médecin, à caractériser un organe en quelques phrases typiques, mais il n’était point fait pour les descriptions minutieuses et précises. Doué d’une intelligence alerte, chaque leçon était pour lui une sorte d’improvisation, où il donnait un libre cours à son talent oratoire, qui était remarquable. Toujours debout et en mouvement derrière sa chaire, la voix sonore et le geste large, il se lançait dans des périodes retentissantes, longues quelquefois dont il sortait toujours sans encombre.
Benoît fut doyen de 1880 à 1885 et profita de cette situation pour apporter de nombreuses améliorations dans les locaux dépendants de la chaire d’Anatomie. Mis à la retraite en 1886, il mourut le 6 novembre 1893. M. Paulet lui a succédé le 1er novembre 1888.